Прошло три года после возвращения «Ямато» с планеты Искандер. Земляне вернули свою планету с Космореверс и подписали мирный договор с Гамилусом. В дополнение был разработан новый оборонный флот, который включает в себя передовой броненосец «Андромеда». Несмотря на просьбы Старши, Земля идёт по пути военной экспансии. «Ямато» помогает достичь «мира», но его цена забирает слишком много жизней. Тем временем богиня Тереза, которая молится за спокойствие в космосе, призывает «Ямато» к новому плаванию. Угроза со стороны Гатлантиса охватывает всю вселенную и приближается к Земле.

В далеком будущем после череды катаклизмов голубая планета превратилась в выжженную пустыню. Люди умирающей Земли разделились на касты: генетически измененные военные хранят осколки цивилизации в городах-крепостях, вольные «натуралы» приспособились к жизни в оазисах. Песчаные моря бороздят большие и малые корабли, команды которых всегда готовы заработать и торговлей, и другими способами. Из таких и Сэм Койн, молодой матрос с торгового судна «Балданос». Он одержим идеей отыскать озму – громадного песчаного кита, погубившего старшего брата. Во время одного из рейдов парень спасает таинственную красавицу Майю, за которой гонятся военные, и приводит ее на корабль. Беглянка оказалась далеко не простой девушкой, и войска Тезея – ближайшего города-купола – настойчиво ищут дерзких похитителей. Дело осложняется внутренними интригами, мрачными тайнами и ошеломляющими открытиями. Впрочем, по обе стороны конфликта хватает умных людей, которые постепенно понимают, что борются за ключ к будущему, к спасению всего человечества. А еще песчаные киты совсем не то, чем кажутся!